Nejvýznamnějším kritériem pro výběr zdrojů do výběrových sklizní Webarchivu je bohemikální charakter zdroje. Toto kritérium se řídí pravidlem výběru dokumentů registrovaných v národní bibliografii, které zahrnuje:
Zdroje jsou do výběrových sklizní zařazovány zejména na základě jejich obsahu. Preferovány jsou zdroje s kulturní, vědeckou či historickou hodnotou, které mají originální a unikátní obsah a dlouhodobou badatelskou hodnotou.
K archivaci jsou zařazovány pouze volně přístupné/zveřejněné zdroje. Případně je nutné, aby byla přístupná obsahově podstatná část zdroj (zdroj může obsahovat např. sekci pro registrované uživatele).
Z hlediska formátu zdroje jsou archivovány zdroje v běžných formátech, které lze zobrazit pomocí webového prohlížeče.
Zdroje jsou také zařazovány s přihlédnutím k jejich technické povaze, jelikož není možné z technického hlediska sklidit všechny zdroje v takové podobě, v jaké se nacházejí na webu.
Podrobněji o tom, jak Webarchiv archivuje webové zdroje, se dočtete v dokumentu Strategie budování sbírky Webarchivu.